Iako se nastanak političkih komesara povezuje prije svega s Crvenom armijom i socijalističkim vojskama nastalima pod njezinim utjecajem, to s aspekta vojne povijesti nije točno jer slične institucije postoje još u XVIII. stoljeću u talijanskim najamničkim vojskama da bi se osigurao interes poslodavca koji je unajmio neku vojnu postrojbu.
U punom smislu tog pojma, politički komesari prvi se put javljaju 1792. godine tijekom Francuske građanske revolucije kao kontrolni mehanizam vladajuće strukture u revolucionarnoj vojsci. Zbog nepovjerenja revolucionara u postojeći časnički kadar, tako imenovani politički komesari imali su gotovo apsolutne ovlasti koje su uključivale čak i trenutačno smjenjivanje i uhićenje vojnih zapovjednika svih razina (uključujući i generale), a po potrebi i njihovo privođenje prijekom sudu (što je gotovo u pravilu završavalo pred streljačkim strojem ili na giljotini).
Institucija komesara u Rusiji uvedena je još za vrijeme carizma, ali ne u oružanim snagama, nego kao politička funkcija osobnog izaslanika cara u pojedinoj guberniji (ili nižoj administrativnoj cjelini), ako za gubernatora nije postavljena osoba u koju je car imao puno povjerenje. Lenjin je samo preslikao iskustva iz Francuske građanske revolucije i carske Rusije i primijenio ih na Crvenu armiju, samo što su osobe koje su obnašale te dužnosti dobile naziv "vojni komesari" kako bi se razlikovale od političkih komesara u ostalim strukturama društva (ta institucija bila je uvedena u gotovo sve društvene strukture i gospodarske subjekte.
Tijekom građanskog rata komesari su bili ravnopravni zapovjednicima postrojbi pa iako nisu imali apsolutne ovlasti kao u Francuskoj građanskoj revoluciji, zapovjednici bez njihove suglasnosti nisu mogli donijeti ni realizirati gotovo nikakvu odluku.
Nakon rata vojni komesari u Crvenoj armiji postaju glavni nositelji ideološkog rata, odgovorni su za promidžbu i čuvanje interesa komunističke partije, a njihovu unutarnju kontrolnu ulogu sve više preuzimaju djelatnici tajne policije NKVD. Proširenjem dužnosti i područja rada komesara počinje se izgrađivati vojnopolitički aparat, stvarajući novu, gotovo paralelnu liniju uz zapovjednu.
Kada je Crvena armija postala formirana, stabilna struktura u potpuno definiranom SSSR-u, ulogu vojnih komesara preuzimaju pomoćnici zapovjednika za politički rad u postrojbama svih razina, a oni se kao institucija ukidaju u ožujku 1952., međutim ponovno se uvode 1937. tijekom Staljinovih čistki, da bi bili ukinuti nakon Zimskog rata 1940. godine. Treći put vojni komesari uvode se u postrojbe Crvene armije neposredno prije njemačke agresije 1941. i definitivno se ukidaju 1942. kada njihovu ulogu preuzima iznimno razvijeni politički aparat u vojsci, strukturiran po svojim linijama zapovijedanja i u svim (pa i najmanjim i najizdvojenijim) postrojbama i ustanovama.
