Lokalitet Pakoštane Crkvina nalazi se na zapadnoj obali Vranskog jezera, stotinjak metara od obale jezera, na položaju poznatom kao Košević, uz cestu koja vodi od Pakoštana prema Vrani. Ostatke crkvene arhitekture na tom lokalitetu još krajem 19. stoljeća uočio je don Luka Jelić te ih navodi kao ostatke starohrvatske crkve Sv. Marije i manje kapele uz crkvu, koje su porušene u vrijeme ratova s Osmanlijama. Na tom mjestu nalazilo se srednjovjekovno naselje Zablaće koje je u ranom srednjem vijeku, prema povijesnim izvorima, bilo sjedište Zablatske podžupanije.
Od 12. stoljeća područje nekadašnje podžupanije potpalo je pod vlast vranskog preceptorata, a od 13. stoljeća spominje se u dokumentima kao zasebni zablatski preceptorat. Ovo područje stradalo je u 16. stoljeću u razdoblju ratova s Turcima, kada se stanovništvo pod stalnom prijetnjom turskih upada seli u Pakoštane i okolna mjesta. Posljednje spomene crkve Sv. Marije u Zablaću nalazimo u jednom dokumentu iz 1664. godine te na katastarskim mapama iz godine 1792., kada se spominje samo crkva u Zablaću bez navedenog titulara.