Klis, utvrda smještena na prijevoju između Kozjaka sa zapadne strane i Mosora s istočne strane, zbog svog strateškog položaja stoljećima je bio štit i obrana Splita i Kaštelanskog polja. U doba turskih ratova pod zapovjedništvom kapetana Petra Kružića desetljećima se odupirala pokušajima turskog osvajanja, sve dok ipak 1537. godine nije pala u turske ruke. Uskoci su se povukli u Senj i od tamo vodili borbu kako protiv Osmanlija, a također i protiv Venecije, pogotovo na obali kod Zadra. Mlečani su pokušali u više navrata osvojiti Klis, a informacije o utvrdi dobivali su od svećenika, raje i potplaćenih Turaka. Splitski plemić Ivan Albertinii Nikola Cindra organizirali su 7. travnja 1596. uz pomoć uskoka, Poljičana, Kaštelana i Bračana te dijela turske posade napad na utvrdu te je zauzeli. Sandžak-beg Mustafa odgovorio je opsadom dovevši pod kliške zidine preko deset tisuća vojnika. Klisu i njegovim braniteljima, kojih je tada bilo oko 1 500, pokušao je pomoći general Juraj Lenković vodeći oko tisuću vojnika i uskoka, ali je i sam bio ranjen te se, poražen, povukao. Klis se predao Turcima 31. svibnja, no ovo je privremeno oslobođenje odjeknulo u Europi te među domaćim stanovništvom i uskocima davši im snažnu potporu u njihovim nastojanjima.
Uskoci su svojim gusarenjem isprovocirali Dvorsko ratno vijeće u Grazu da u Senj pošalje povjerenika Josipa Rabattu, koji je trebao preustrojiti uskočku organizaciju. No uskoci su ga ubili nakon niza neodmjerenih postupaka prema uglednim članovima uskočke zajednice. Uskoro je izbio Uskočki rat (1615–1617) između Austrije i Venecije, čijim su završetkom uskoci morali napustiti Senj. Njihovi su brodovi spaljeni, dok su oni preseljeni na područje Karlovca i Žumberačkog gorja.