Vrhovno ratno vijeće
Vrhovno ratno vijeće utemeljeno je u Meiji razdoblju od 1868. do 1893. godine. Prvi vođa Vrhovnoga ratnog vijeća bio je Yamagata Aritomo (1838. – 1922. godine). Vrhovno ratno vijeće utemeljeno je po pruskom modelu generalnog stožera, gdje je zapovjednik stožera imao izravan pristup caru te je mogao nezavisno donositi odluke presudne važnosti za oružane snage, unatoč ministrima rata i mornarice. U Vrhovnom ratnom vijeću, uoči napada na Pearl Harbor, predsjedavali su: japanski car Hirohito (1901. – 1989.) ili car Shówa (razdoblje carske vladavine); premijer general Hideki Tójó (1884. – 1948.), ministar vanjskih poslova Shigenori Tógó (1882. – 1950.); ministar rata (dužnost je obnašao Hideki Tójó), ministar mornarice, admiral Shimada Shigetaro (1883. – 1976.); zapovjednik glavnog stožera kopnene vojske, general Sugiyama Hajime (1880. – 1945.) i zapovjednik glavnog stožera carske mornarice admiral Osami Nagano (1880. – 1947. godine). Od studenoga 1937. godine car Hirohito izdao je carski edikt u kojem je Vrhovno ratno vijeće zamijenjeno Imperijalnim generalnim stožerom ili združenim stožerom japanskih oružanih snaga.
Imperijalni generalni stožer ili združeni stožer japanskih oružanih snaga
Imperijalni generalni stožer utemeljen je kao dio Vrhovnoga ratnog vijeća 1893. godine. Njegov je zadatak bio koordinirati ratne napore japanskih kopnenih snaga i japanske mornarice za vrijeme rata. Spomenuti je stožer bio sastavljen od odsjeka za mornaricu i odsjeka za kopnene snage. Odsjek za mornaricu sastavljen je od zapovjednika generalnog stožera mornarice, zapovjednika operativnog djelovanja mornarice i ministra mornarice, a odsjek kopnenih snaga bio je sastavljen od glavnog zapovjednika, ministra rata i zapovjednika za operativno djelovanje kopnenih snaga. Odnosi između japanske mornarice i japanskih kopnenih snaga bili su neprijateljski, a rivalstvo između tih dvaju odvojenih rodova vojske imalo je svoje korijene iz Meiji razdoblja, kada je car Meiji reformama skršio moć japanskih feudalnih ratnika. Mnogi samuraji „ronini“ (samuraji koji nemaju vlastita gospodara) tražili su svoju vojnu karijeru unutar japanske mornarice, a nisu krili buntovništvo i neprijateljstvo prema vojnim strukturama carske vojske protiv kojih su ratovali u Satsuma pobuni iz 1877. godine. Prije početka rata na Pacifiku dva roda vojske nisu se mogli složiti oko japanskoga ratnog plana. Naime, japanska je vojska podržavala Hokushin-ron koncept u kojem su japanski strateški interesi usmjereni na azijski kontinent, dok je japanska mornarica podržavala suprotan koncept zvani Nanshin-ron u kojem je japanski strateški interes bio usmjeren prema jugoistočnoj Aziji i otocima Pacifika.
Tijekom rata na Pacifiku vodstvo Imperijalnog stožera sastojalo se od zapovjednika generalnog stožera kopnene vojske čiju su funkciju obavljali general Hajime Sugiyame, a zamijenio ga je Hideki Tójó i naposljetku Yoshijiró Umezu od 1944. do 1945. godine. Funkciju zapovjednika generalnog stožera mornarice obavljali su admirali Osami Nagano (1941. – 1944.), nakon njega Shigetara Shimade, Koshira Oikawe i naposljetku admiral Soemu Toyoda 1945. godine. Funkciju ministara rata obavljao je general Hideki Tójó (1939. – 1944.), a naposljetku general Korechika Anami 1945. godine. Funkciju ministara mornarice obavljali su admirali Koshiró (1940. – 1941.) i Shigetaró Shimada (1941. – 1944. godine).
Ratno ministarstvo
Ministarstvo je utemeljeno u travnju 1872. zajedno s Ministarstvom mornarice. Ministarstvo je obnašalo administrativnu i operativnu ulogu do utemeljenja carskoga generalnog stožera kopnene vojske u prosincu 1878. godine. Glavni zadatak spomenutog ministarstva bilo je osigurati proračun, rukovoditi vojnim kadrom te održavati odnose s japanskim parlamentom. U kasnijem razdoblju Meiji Japana Ministarstvo rata politički je ojačalo, jer je bilo podložno izravno caru kao vrhovnom zapovjedniku japanskih oružanih snaga. Ministarstvo rata carskim je ediktom iz 1937. godine postalo dio združenog stožera japanskih oružanih snaga.
Carski generalni stožer kopnene vojske
Generalni stožer bio je najveći vojni organ u japanskoj kopnenoj vojsci. U prosincu 1878. godine preuzeo je svu operativnu ulogu koju je obnašalo Ministarstvo rata, ostavljajući ministarstvu samo administrativnu funkciju. Na čelu Generalnog stožera kopnene vojske mogao je biti feldmaršal u aktivnoj dužnosti, ali između ostaloga i general. Uloga Generalnog stožera kopnene vojske sastojala se u pripremanju ratnih planova, rukovođenju kadrova, vojnoobavještajnoj djelatnosti i izradi vojnih zemljovida. Zapovjednik Generalnog stožera imao je izravan pristup caru kao i ministri rata, mornarice te glavni zapovjednik Carskoga generalnog stožera mornarice. Za vrijeme rata na Pacifiku (1941. – 1945.) na čelu Generalnog stožera kopnene vojske bio je feldmaršal Sugiyama Hajime i naposljetku general Yoshijiró Umezu.
Ministarstvo mornarice
Operativna uloga Ministarstva rata sastojala se od izrade pomorskog proračuna, izgradnje brodova, rukovođenja kadrom i između ostaloga suradnje s japanskim parlamentom. Utemeljenjem Carskog generalnog stožera japanske mornarice u svibnju 1893. godine Ministarstvo mornarice obavljalo je isključivo administrativne funkcije. U razdoblju do 1885. godine također je kao i Ministarstvo rata izravno odgovaralo caru. Kao i kod Ministarstva kopnene vojske, Ministarstvo rata i Generalni stožer carske mornarice, carskim ediktom iz 1937. godine postali su dio združenog stožera Oružanih snaga Japana.
Carski generalni stožer japanske mornarice
Najveći vojni organ u carskoj mornarici je Generalni stožer mornarice koji je utemeljen 1893. godine. Na čelu Generalnog stožera mornarice je mogao biti samo admiral u aktivnoj dužnosti. Glavno sjedište nalazilo se u japanskom glavnom gradu Tokiju. Njegovim utemeljenjem preuzeo je operativnu ulogu Ministarstva mornarice, a čija se operativna uloga sastojala od planiranja i provedbe japanske obrambene strategije. Za vrijeme rata na Pacifiku (1941. – 1945.) na čelu Generalnog stožera carske mornarice bili su sljedeći vršitelji dužnosti: admirali Nagano Osami, Shimada Shigetaró, Oikawa Koshiró i naposljetku admiral Toyoda Soemu.