Zubek je svoja "zrakoplovna krila" i čin poručnika svečano dobio 1. studenog 1947. godine. Zbog izuzetnih sposobnosti, lucidnosti i zalaganja, Zubekova karijera ide strijelovito naprijed.
Nakon što je postao pilot, Zubek je zadržan u Vojnom zrakoplovnom učilištu (VVU -Vojnom vazduhoplovnom učilištu) kao nastavnik letenja na lovcima „JAK". Godine 1950. postaje zapovjednik odjela. Sljedeće godine postavljen je za zapovjednika eskadrile u 101. puku. Godine 1953. pomoćnik je zapovjednika za tehniku pilotiranja u 101. puku. Probni je pilot u „Vazduhoplovnom opitnom centru" od 1953. - 1956. godine. Od 1957. - 1959. godine Zubek je šef svih probnih pilota „Vazduhoplovnog opitnog centra". Načelnik letačkog odjela 1.zrakoplovne komande, 1960. godine. VVVA - Viša vojna zrakoplovna (vazduhoplovna) akademija 1961. i 1962. godine. Od 1962. - 1964. godine inspektor je komande Ratnog zrakoplovstva i protuzračne obrane. Načelnik nastavnog odjela 5. zrakoplovnog korpusa od 1964. - 1965. godine. Pomoćnik zapovjednika 5. zrakoplovnog korpusa za letačke poslove - inspektor od 1966. godine do umirovljenja 31. prosinca 1971. godine. Umirovljen u činu pukovnika.
Ono što Zubeka izdvaja od mnogobrojnih pilota Jugoslavenskog ratnog zrakoplovstva broj je tipova aviona na kojima je letio, ali još više, broj letova i sati naleta na istima.
U vojnoj službi Zubek je ostvario 6775 letova u trajanju od 3168 sati, dok je kao civilni pilot letio 4454 leta u ukupnom trajanju od 6873 sata. Ukupni je broj letova 11 229 dok je ukupni broj sati letenja bio nevjerojatnih 10 041 ili punih 418 dana leta. Toliki broj sati u kabini raznih aviona nije mogao proći bez izvanrednih prilika.
1. slučaj: Požar na školskom lovcu Ujak-9 (vojnoevidencljskt broj 1137) nedaleko od jugostavensko-rumunjske granIce, 15. travnja 1949. godIne
Zubek je kao nastavnik sjedao u prednjoj kabini, a iza njega, kao pilot-učenik, podporučnik Miškin. Zadatak je bio uvježbavanje pokreta visoke tehnike pilotiranja. Na 2500 metara u avionu se osjetio jak miris benzina, ali poručnik Zubek odlučio je nastaviti s izvršavanjem zadatka. Nakon što su krenuli u strmo obrušavanje pod kutom 60-70 stupnjeva, došlo je do snažne ekplozije benzinskih para u predjelu motora. Brzina se povećala do 650 km/h. Odmah je požar zahvatio prednju, Zubekovu kabinu. U tom trenutku pokazala se sva korist stalnih vježbi. Zubek je postupio po ranije uvježbavanom postupku. Zatvorio je slavinu goriva, dao gas motoru (da bi se što brže potrošio benzin u oštečenim instalacijama) i isključio magnete motora tj. električno paljenje. Ovakva reakcija urodila je plodom i nakon što je odvezao pojaseve i otvorio pokrov kabine, zaldjučio je da plameni jezici jenjavaju. Prvotnu namjeru da obojica iskoče zanemario je te odlučio spasiti avion prinudnim slijetanjem. Slijetanje s izvučenim podvozjem prošlo je bez poteškoča. Zubek je, iako opečen po licu, nogama i rukama, tu noć slavio svoj novi rodendan.
Kao nagradu dobio je pohvalu od zapovjedništva JRZ-a te je odreden da 1949. godine u povodu Dana zrakoplovstva ide na prijem kod maršala Tita.
2. slučaj: Otkaz motora na školskom lovcu Ujak-9 na maloj vlsini iznad Titograda (Podgorice) 25. kolovoza 1950. godlne
Zadaća je biIa provjera i uvježbavanje pilota-kadeta IV. klase, Mihajlova. Let od polijetanja pa sve do povratka na slijetanje protekao je u najboljem redu. Na krugu za slijetanje, prilikom davanja punoga gasa i na visini od 80 metara, motor je počeo prekidati rad ("kašljati"). Usprkos poduzetim radnjama, motor je prekidao sve jače i jače da bi ubrzo potpuno stao. Zubek se ponovo morao boriti za svoj i učenikov život! U neposrednoj blizini zračne luke i na putanji Zubekovog aviona nalazile su se razne prepreke: kamene hridi i depresije rječice Ribnice, barake garnizona, aerobaza JAT-a, benzinsko skladište i željezničko naselje. Da prilika bude još teža, kadet je Mihajlov u napadaju panike, zbog strmog kuta ponirućeg zaokreta, vukao upravljačku palicu u pogrješnom smjeru, prema sebi. Zubek je na visini od par desetaka metara zaokrenuo avion za 150 stupnjeva i neposredno prije samog udara u zemlju, ispravio zralcoplov. U trenutku prvog udara kotača o tlo, ispred sebe je primijetio drugo benzinsko skladište kojega je zrakoplov u odbijanju preskočio. Nakon što je avion konačno prizemljio i kretao se smanjenom brzinom, na 50 metara udaljenosti, Zubek je vidio zgrade. Odlučio je polomiti podvozje (kotače). Uporabom nožnih komandi i zračnih kočnica, ostvario je naum i UJak se zaustavio, ležeči na trupu, samo šest metara od prve zgrade.
3. slučaj: Zatajenje motora na zrakoplovu Utva-213 uslijed nestanka goriva, nedaleko od Banja Luke, 05. svibnja 1953. godine
Posebni let na koji su poletjeli Zubek i Hrkovac Marko na zrakoplovu „213" imao je za cilj uvježbavanje pripadnika protuzračne obrane. U to vrijeme Zubek je letio na zrakoplovu Utva-212, dok je „213", za čijim upravljačem se sada nalazio, za njega bio novi i nepoznati tip aviona. Vježba se odvijala u rejonu Vinkovaca. Nakon uspješno odradene uloge mete, Zubek je odlučio iskušati novi zrakoplov na poligonu kod sela Klašnica. Nakon trećeg naleta na mete, motor je zrakoplova bez ikakvog prethodnog upozorenja potpuno stao. Brzim pregledom terena Zubek je izabrao njivu s kukuruzom visine dvadesetak centimetara i prinudno sletio s uvučenim podvozjem. Zrakoplov je doživio minimalno oštećenje, samo je dvokraka elisa bila svinuta. Kasnijom istragom utvrdili su zašto je motor tako naprasno stao. Piloti su, naime, koristili uputstva za prototip zrakoplova „213" koji je za 200 kilograma lakši i koji je imao značajno manju potrošnju goriva od serijskog aviona kojeg su letjeli na ovome letu. Zubek je ipak morao platiti 10 posto vrijednosti od štete pričinjene na zrakoplovu.
4. slučaj: Lom instalaclja podvozja na lovcu 5-49C s prinudnim slijetanjem na zračnoj luci Batajnica, 14. rujna 1957. godine
Vršeći akrobacije na maloj visini i pri brzini od 550 km/h, Zubek je osjetio snažan udar poslije čega je uslijedio trenutak spuštanja nosa aviona prema zemlji. Zadržavši prisebnost, Zubek je očitavajući vrijednosti na komandnoj ploči, utvrdio da je desna noga podvozja izvučena, a lijeva zabravljena u uvučenom položaju. Nakon šest pokušaja da naglim pokretima izyuče i lijevu nogu podvozja i nakon što sva nastojanja nisu urodila plodom, pilot je odlučio sletjeti. Desno krilo lovca zaparalo je zemlju, digao se oblak prašine, ali Josip je Zubek i iz ove pogibeljne prilike izašao neozlijeđen, ili kako bi piloti u svom osebujnom žargonu rekli „svako slijetanje poslije kojega možeš hodati je dobro slijetanje"!
Osim ovih, mogućih po život opasnih nezgoda, Zubek je doživio još 11 nepredvidenih dogadaja tijekom letova:
Djelomični otkaz motora na lovcu Jak-9.
Otkaz hidroinstalacije na avionu „212".
Lom jednog kraka elise na lovcu Jak-9.
Lom benzinske instalacije na avionu „522".
Uvlačenje jedne noge podvozja na avionu „213".
Otkaz jednog motora na prototipu Š-451MM.
Lom lopatice turbine na mlaznom avionu TV-2.
Otkaz uređaja za upravljanje nosnim kotačem na mlaznom lovcu F-86.
Otkaz signalizacije podvozja na putničkom zrakoplovu DC-9.
Dekompresija kabine na zrakoplovu DC-9 na 9000 metara visine.
Srčani zastoj putnika na avionu DC-9 na letu Dubrovnik - New Castle. Putnik preživio.
Ujak- 9.... HA HA HA HA.. Koja bruka :-D Yak-9U :-D