Brzom pobjedom u ratu protiv Jugoslavije i Grčke nacistička je Njemačka osigurala svoj južni bok uoči planiranoga napada na Sovjetski Savez. No s neosvojene Krete još joj je prijetila opasnost za buduće ratne operacije. Na tom otoku Britanci su imali strateški važnu bazu odakle su mogli zrakoplovima bombardirati rumunjska naftna polja i sve putove na Balkanu i u Sredozemlju. Hitler se zato odlučio za novi udar: 20. svibnja 1941. njemačke zračno-desantske snage počele su iz zraka neočekivanu invaziju na Kretu. Taj pothvat, za koji je bilo skupljeno oko 1 000 zrakoplova, dobio je kodni naziv »Merkur«.
Kako su Britanci nakon pobjede kod Matapana imali izrazitu prevlast na moru, to je bilo jedino rješenje, ali toliko krvavo da je zauvijek slomilo moć njemačkih padobranskih snaga. Najezdi je prethodilo strahovito bombardiranje otoka. U 8 sati ujutro, kad su gotovo svi britanski topovi umuknuli i posade se povukle u skloništa, pojavili su se konvoji zračnih jedrilica u pratnji lovaca i bombardera kako bi izvršili prvu zračnu invaziju u povijesti ratovanja. Prvoga dana desanta uspjelo se spustiti 8 000 padobranaca. Zbog žestokoga britanskog otpora napadači su pretrpjeli velike gubitke i nisu uspjeli zauzeti glavni cilj – aerodrome na koje su se trebali spustiti transportni zrakoplovi. Napad se međutim nastavljao sve većom žestinom. Njemačko zapovjedništvo igralo je na sve ili ništa, bez obzira na žrtve. Usporedo s teškim bitkama na kopnu, borbe su bjesnjele i na moru. Britanci su uspjeli potpuno uništiti jedan njemački pomorski konvoj, a drugi prisiliti na povlačenje u Grčku. Sami su izgubili tri krstarice i šest razarača, dok je jedan nosač zrakoplova, dva bojna broda, šest krstarica i sedam razarača bilo oštećeno. Velika bitka za Kretu ipak je završila pobjedom Nijemaca kojima su na osvojene aerodrome stalno stizale svježe snage. Zarobljeno je 5 000 britanskih i oko 10 000 grčkih vojnika. Ostatak garnizona britanska je flota evakuirala u Egipat. Njemački uspjeh iznenadio je svijet. Zauzimanjem Krete nacističke trupe osigurale su vrlo važnu bazu za buduće operacije na Bliskom istoku i za zračne akcije protiv britanskih zrakoplovnih i mornaričkih snaga u sjevernoj Africi. Britanci su izgubili ne samo važnu strategijsku bazu na Sredozemlju, s koje su mogli napadati brodove Osovine, nego i politički prestiž u Turskoj i na Bliskom istoku. No gubici na njemačkoj strani bili su strahoviti: od oko 7 000 poginulih vojnika bilo je više od 2 000 padobranaca, dok ih je 2 500 ranjeno. Oko 2 000 njemačkih vojnika utopilo se u moru. Hitler se u ratu više nije usudio upotrijebiti veće zračno-desantne postrojbe. Sam je rekao: »Kreta je pokazala da su dani padobranaca prošli!« No djelovanje velikih padobranskih snaga tek je počinjalo, ali na strani Saveznika.