Generalni stožer bio je najveći vojni organ u japanskoj kopnenoj vojsci. U prosincu 1878. godine preuzeo je svu operativnu ulogu koju je obnašalo Ministarstvo rata, ostavljajući ministarstvu samo administrativnu funkciju. Na čelu Generalnog stožera kopnene vojske mogao je biti feldmaršal u aktivnoj dužnosti, ali između ostaloga i general. Uloga Generalnog stožera kopnene vojske sastojala se u pripremanju ratnih planova, rukovođenju kadrova, vojnoobavještajnoj djelatnosti i izradi vojnih zemljovida. Zapovjednik Generalnog stožera imao je izravan pristup caru kao i ministri rata, mornarice te glavni zapovjednik Carskoga generalnog stožera mornarice. Za vrijeme rata na Pacifiku (1941. – 1945.) na čelu Generalnog stožera kopnene vojske bio je feldmaršal Sugiyama Hajime i naposljetku general Yoshijiró Umezu.
Ministarstvo mornarice
Operativna uloga Ministarstva rata sastojala se od izrade pomorskog proračuna, izgradnje brodova, rukovođenja kadrom i između ostaloga suradnje s japanskim parlamentom. Utemeljenjem Carskog generalnog stožera japanske mornarice u svibnju 1893. godine Ministarstvo mornarice obavljalo je isključivo administrativne funkcije. U razdoblju do 1885. godine također je kao i Ministarstvo rata izravno odgovaralo caru. Kao i kod Ministarstva kopnene vojske, Ministarstvo rata i Generalni stožer carske mornarice, carskim ediktom iz 1937. godine postali su dio združenog stožera Oružanih snaga Japana.
Carski generalni stožer japanske mornarice
Najveći vojni organ u carskoj mornarici je Generalni stožer mornarice koji je utemeljen 1893. godine. Na čelu Generalnog stožera mornarice je mogao biti samo admiral u aktivnoj dužnosti. Glavno sjedište nalazilo se u japanskom glavnom gradu Tokiju. Njegovim utemeljenjem preuzeo je operativnu ulogu Ministarstva mornarice, a čija se operativna uloga sastojala od planiranja i provedbe japanske obrambene strategije. Za vrijeme rata na Pacifiku (1941. – 1945.) na čelu Generalnog stožera carske mornarice bili su sljedeći vršitelji dužnosti: admirali Nagano Osami, Shimada Shigetaró, Oikawa Koshiró i naposljetku admiral Toyoda Soemu.
